Als am 12. März 1961 die Neue Pfarrkirche St. Margareta von Bischof Josef Stangl eingeweiht wurde, ging ein lange gehegtes Vorhaben der Bürgstadter in Erfüllung. Bereits Ende des 19. Jahrhunderts wurden immer wieder Erweiterungen der bestehenden Pfarrkirche geplant, die einem Neubau gleichgekommen wären. Mit der Wahl des Standortes in der Nähe des Friedhofes war gewährleistet, dass die Alte Pfarrkirche den historischen Ortskern weiterhin dominiert, während der Kirchenneubau das umliegende Neubaugebiet akzentuiert. Doch nicht nur der Name wurde von der Alten Pfarrkirche übernommen, auch die spätgotische Pietà und die Plastik von Anna Selbdritt aus der Riemenschneiderschule waren zuvor in der Alten Pfarrkirche.
Ein echtes Kleinod sind die von Prof. Johannes Schreiter gestalteten Glasfenster im Südgiebel und in der Marienkapelle in der Südwestecke der Kirche. Das Dreiecksfenster ist das Symbol für das Auge Gottes und die Dreifaltigkeit. Die Fensterfläche mit den auf- und absteigenden Lichtbündeln ist eine Metapher für das Weltgeschehen als sich immer wiederholendes Spiel und Gegenspiel irdischer und aus der Transzendenz wirkender Kräfte.
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